yo he usado CodeIgniter con PhpExcel para hacer lectura y escritura en archivos de excel.
lo que me gusta de CI es que puedes generar el excel a aprtir de datos obtenidos de bbdd y no se almacenan en tu servidor, se compilan y se descargan en el momento, lo que te permite lograr que si ocurre alguna modificación siempre tendrás la última versión para ser utilizada.
Sería interesante saber si deseas que tu herramienta sea para escritorio o WEB, ya que PHP te serviría solo WEB.
Saludos!