Ayuda con md5 y clonación de discos

Buenas noches a todos.

Bueno tengo una pregunta a ver si alguien me la sabe resolver.

Bien tengo un Pendrive de 4 GB con datos, y lo clono con dd a otro Pendrive de 8GB. Hasta ahí todo bien.

Vale aquí viene lo importante.

Para confirmar que los datos se han pasado correctamente de uno a otro, es necesario sacar el hash md5 al Pendrive de 4GB y al de 8GB y ver que coinciden los hashes.

Bien ahora aquí mi duda.

Nunca he hecho esto de sacar los hashes o crearlos, ¿como sería esto, se crea un hash al Pendrive de 4GB y después se compara con el de 8GB, o ya tiene su hash el pendrive de 4GB o como se haría?
Después he visto que hay dos herramientas de hash md5, md5sum y md5deep. ¿Que diferencia a una de otra?

Un Saludo a todos.