@FrijolitoHay dos probabilidades y una tres (debido a que no puedo apoyarte con el código debido a los pocos conocimientos en el lenguaje que usaste, aunque si eh usado, sigo y seguiré usando el cifrado AES en python).
La primera posibilidad es que no estás aplicando las mismas funciones que en la página web.
La segunda y la mas probable son los vectores de inicialización, que probablemente genera tu programa produciendo una salida diferente a pesar de que la entrada es la misma.
Lo que me pude llegar a dar cuenta es que en la página donde se cifran los datos usan los mismo vectores de inicialización, cada vez que pinchi el botón "encrypt" obtengo una salida sin cambios, algo posiblemente irrelevante.