Si puedes consumir un web service desde tu aplicación java, de hecho puedes consumir un web service hecho en .net.
En .net pones crear web service y te apareceran en el .asmx los web methods que será cada función que podrás llamar con los parámetros que le pongas y si corres el proyecto podrás usar las funciones desde una página web no solo desde un cliente, la idea sería que les agregues un password como parámetro a los métodos.
Como el password lo tendrás harcodeado en tu aplicación cualquier IP que ingrese un password erroneo 10 veces en un mismo día podrías bloquearlo.
Te recomendaría que hagas la prueba con un solo método, para comprobar que realmente se acorten los tiempos y no hagas todo un proyecto y que siga siendo lento.
Lo bueno es que aun consiguiendo el password no podrán utilizar más código SQL que el que usen los métodos declarados por ti, a menos que encuentren alguna forma de hacer SQL injection supongo que sabrás como evitarlo.
Es una lástima tenía un manual bien explicado de creación de web service en mi web, pero en este momento la tengo dada de baja para montar otro servicio.
Saludos,