¿Cuál es la mejor manera de ocultar un programa en segundo plano?

Hola a todos, cual sería la mejor manera, o las diferentes maneras de ocultar un programa en segundo plano, quiero ocultar programas tipo bitorrent, emule, ares, etc. que se inicien junto con Winows, pero que se oculte la ventana en segundo plano, actualmente he echo pruebas con programas que si hacen lo que necesito, y se ocultan del usuario promedio, inclusive quitan el sonido ; pero en cada re inicio el programa se desconfigura y ya no esconde a mi programa final.  tengo acceso a la PC de la victima así que no habría problema en configurar o cambiar algo, pero si me interesa que cada que se reinicie windows cargue el programa pero también se esconda del usuario promedio.  a ver si alguien me puede echar la mano, llevo un par de días intentando hacerlo, pero como desconozco del tema totalmente no logro avanzar nada.

Saludos

puede iniciar un programa con las claves de registro en windows para que un programa inicie al encender el pc seria

HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run

otra manera es añadir el programa dentro de la carpeta startup

C:\Users\tu_usuario\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Startup

o desde el comando ejecutar

shell:startup

Ya solo te queda adapterlo a el lenguaje que utilices