Desde ahora te digo que programar en POO no es un estilo de programación, que tiene clase, métodos, atributos y eso. Que utilices clases, métodos y atributos no significa que estés haciendo buen uso de este. Las personas que ingresan a este mundo por esta vía (hacking y eso), suelen tener muchos desconocimiento sobre el propósito de las cosas.
Muchos no aplican encapsulamiento, abstraccion y polimorfismo (aunque todavía no es soportado por PHP), interfaces. Tampoco nadie aplica principios como Los enlaces son solo para miembros.
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iniciá sesión. Y mucho menos aplican patrones de diseños.
Aprender directamente un Framework no es ningún buen consejo, eso solo te limita como programador. Tampoco aconsejar que alguien aprenda directamente MVC, no es buena practica utilizar un patron de diseño sin saber si en verdad es necesario ocuparlo, es mucho mejor conocer varios y aplicar el que mejor se adapte. Muchas veces utilizan MVC y ni saben porque lo hacen, simplemente muchos lo usan y ellos igual lo usan.
Y sobre seguridad, pues es pura logica. Para encontrar vulnerabilidad hay 2 claves, los bug's están donde esta la interacción con el usuario, osea donde el sistema recibe información del usuario para luego poder realizar una acción. Por algo dicen que es imposible penetrar una web que este 100% en HTML, porque no hay interacción con el usuario. Luego de investigar como recibe el sistema la información del usuario y luego como maneja dicha información, toca pensar como podrías generar algo que desees apartir de eso.
Te recomiendo que leas sobre: XSS, CSRF, SQLI y eso. El problema esta en que muchos solo se basan en buscar las vulnerabilidades ya conocidas, pero si te basas en la lógica siempre, podrás creas diferentes nuevos metodos, y quien sabe si luego expone un metodo nuevo totalmente nuevo.
Saludos.