La manera correcta de crear instalación Win 10 desde un Disco externo USB
Probe App como Rufus o AOMEI Partition Assistant Standard Edition 6.0, ninguno de los dos sirve.
El que genera correctamente una partición booteable de instalación de Windows 10 es ISO2Disc (http://www.top-password.com/iso2disc.html).
(https://t.gyazo.com/teams/sistemasycontroles/8f249c4f2e75d300a923502fa4510e90.png)
Después de generar el instalador puedes seguir usando el disco externo para almacenar información normalmente, incluso usando el TERACOPY (http://codesector.com/teracopy) el cual recomiendo usar para tus backups.
Espero esta información les sea de ayuda, ya que me pase toda la noche probando generadores de instalación. XD