Es bastante extraño que eso suceda y puede que no sea un problema del archivo sino del render. Te recomiendo probar con otro lector PDF como Zathura, Evince o el navegador web y además imprimir por lo menos una página de por lo menos dos archivos PDF diferentes solo para confirmar si se logra ver mal.
¿Por cierto, el texto del PDF es texto real o el archivo es un image-only PDF? Si es la segunda opción tienes que pasarlo primero por un reconocimiento de texto y convertirlo a texto real porque o sino estarás jugando con imágenes solamente.
¿Por cierto, el texto del PDF es texto real o el archivo es un image-only PDF? Si es la segunda opción tienes que pasarlo primero por un reconocimiento de texto y convertirlo a texto real porque o sino estarás jugando con imágenes solamente.