Hola Bartz,

respecto a las preguntas que te haces me parece muy interesante, porque hace mas de dos años que utilizo Linux, y al principio instalaba todo y terminaba cambiando de distribuciones, formateando y probando.
A la conclusión que llegue, fue que lo más apropiado (o lo que a mi me ayudo) fue tener una máquina virtual con la misma distribución que utilizas (o diferentes para variar) y que ahí instales y desinstales todo, pruebes comandos distintos, borres carpetas, instales todo lo que se te antoje. De esta manera, vas a ir familiarizándote con el entorno, es decir: hoy te surge un problema porque instalaste algo en el directorio equivocado, borraste algo que no debías. A partir de ese momento ganaste conocimiento y experiencia y lo mejor es que va a ser solo en tu máquina virtual.

Prueba varias distribuciones (Debian, Ubuntu, Arch, CentOs, etc) irás descubriendo cual es la que mejor se adapte a tus necesidades, la que es más manejable, o más sencilla y/o difícil.

Espero que te haya ayudado un poco mi respuesta, y antes que nada no te olvides que la práctica hace al maestro!

Un saludo!