:)
Hola, para modelamiento de Base de Datos te puede servir Power Designer o Enterprise Architect, la primera incluso puede generarte el script para solo ejecutarlo en el motor de BDD:
http://www.sybase.com/products/modelingdevelopment/powerdesigner
http://www.sparxsystems.com.au/
Saludos!
En ese caso podrías usar SQL Power Architect:
http://www.sqlpower.ca/page/architect
Saludos! :)
Si usas mysql entonces te recomiendo
Mysql workbench
Es gratis y multiplataformas