La version 3.0 al actualizar desde los repositorios no aparecen los iconos del escritorio.
Por lo que veo esta distribución usa MATE como entorno de escritorio. Quizás tu problema es una configuración de este paquete o de su file manager "caja".
Puedes ejecutar:
dconf-editor
Esto abre una ventana de configuración. Ahora te mueves a org -> mate -> desktop y te puedes fijar si la opción show-desktop-icons se encuentra deshabilitada.
Ok :)
AYUDA:parrot se queda sin iconos al actualizarse.