Bueno os explico mi pendrive poseía un troyano y lo ejecuté infectando el ordenador y mi pendrive. Ahora donde enchufe el pendrive infecta el ordenador el troyano por lo que veo elimina cosas del pendrive y te toca formatearlo .Yo en el mil tengo cosas importantes y me gustaría saber donde esta el troyano para aislarlo y extraerlo o que podrías hacer cuanto antes mejor por favor
busca en propiedades,y mira que muestre archivos escondidos "hidden files"
Con el mismo explorador de archivos puedes verlo, eso si antes en la configuración del equipo revisa que esté habilitada la opción de ver archivos ocultos.
El malware (no es un troyano) se auto-iniciará en el Pendrive pero sería curioso que infectará otros equipos ya que autorun ya dejó de funcionar en las nuevas versiones de Windows 7/8/10.
De todas formas, formatea tu Pendrive previo backup de tus archivos.
Saludos
¿Has probado con alguna herramienta anti-malware?