Pues en vez de con autoit puedes probar a hacerlo con Batch, supongo que siempre es la misma letra en la que esta el pen-drive asique mira aqui te pongo un code en autoit que lo haga, solamente modifica la letra en la varibale $disc por la de los pen.Es muy simple y no creo que haya ningun error, pero si tienes alguna duda o no funciona pues solo dilo

. Otra cosa, con este code tendras que ejecutarlo cada vez que insertes el pen, si quieres que lo haga automatico solo dilo!
#cs ----------------------------------------------------------------------------
AutoIt Version: 3.3.10.2
Author: 0b3y
#ce ----------------------------------------------------------------------------
;Oculta el icono de autoit de la barra de noticficaciones.
#NoTrayIcon
;Pide permisos de admin para que pueda formatearlo sin problemas.
#RequireAdmin
;unidad que va a ser formateada:
$disc="f:"
;abrimos una ventana de cmd y esperamos a que abra
RunWait("cmd.exe","",@SW_MINIMIZE)
;hacemos que la ventana de cmd flashee para que te des cuenta de que esta abierta(en concreto 4 veces, cada una en 1/2 sec.
WinFlash("C:\Windows\system32\cmd.exe","", 4, 500)
;esperamos a que te centres en la ventana del cmd
WinWaitActive("C:\Windows\system32\cmd.exe")
;enviamos el comando
Send("format "&$disc&" /Q {ENTER}")