Si quieres desarrollar un módulo para incluir en Metasploit, dicho modulo debe extender de las clases definidas en el framework para ello, ademas de seguir algunas convenciones definidas por el producto. Normalmente, dependiendo del tipo de módulo que desarrolles, debes ubicarlo en uno de los subdirectorios que se encuentran en <MSF_INSTALL>/modules.
Existe un excelente manual de Offensive Security donde habla de este y muchos otros topicos de metasploit framework, lo puedes encontrar aquí:
No tienes permitido ver los links. Registrarse o Entrar a mi cuenta

Yo agregaria un buen servidor Apache, un buen servidor SSH y reemplazaria NetCat por Socat... 

Hola,
Tal como indicas, una de las mejores formas de hacerlo, principalmente por razones de seguridad es por medio del uso del comando SCP, personalmente es la forma que utilizo con mayor frecuencia,  sin embargo para alguien no le guste demasiado trabajar con la consola, tambien puede hacerlo utilizando FTP/SFTP y con alguno de los clientes disponibles, como FileZilla.

Por otro lado, es interesante la pregunta que haces sobre SCP, principalmente porque desde SCP no puede hacer evitar el proceso de "overwrite" de contenidos ya existentes en el destino... para ello existe otra herramienta bastante interesante llamada UNISON, es libre y bastante estable. Se adapta muy bien a lo que buscas.
Ver: No tienes permitido ver los links. Registrarse o Entrar a mi cuenta