No se si entiendo bien la pregunta, pero creo entender que es una aplicación que recoge varios parámetros y con ellos el programa genera un programa que compila y genera un .exe.

Tu problema no todos los compiladores están en la misma ruta, esto la solución es sencilla o que el compilador este en la ruta del PATH o que la ruta sea uno de los parámetros.

Creo que aquí te va a surgir otro problema y es que no todo el mundo tiene el mismos compilador y cada uno de ellos tiene sus propios parámetros, esto la solución es que al tener la ruta ejecutes para ver versión y tu programa sepa poner los parámetros según compilador.

Aunque llevo un tiempo por aquí, unos meses tampoco tanto, especialmente viendo el foro muchas veces sin logarme creo ya es hora de presentarme (porque mas vale tarde que nunca)

Soy programador y me gustan especialmente los temas de seguridad y la programación junto al Hardware por eso tambien me gusto este foro ya que he podido ver que también tiene cosas de Arduino.

Espero ahora que ya he terminado con un tema que me llevaba tiempo el poder publicar cosas y ayudar en todo lo posible así como aprender pues lo más bonito de estos temas es que según aprendes cosas ves que tiene que aprender dos más de forma que nunca se acaba.

SALUDOS