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lo mas probable es que fuera a travez del servidor con symlinks o como se escriba o hackearon otra pagina y con alguna shell subieran de directorio y entraran a esa web eso es lo mas comun si todo esta actualizado obviamente
igual seria bueno que revisaras el log.
Muchas gracias Moy, fue eso lo que paso. El hosting que usamos es compartido y me dijeron que tal cual; caia uno y caiamos todos xD
Ahora revisando con el ESET aparecio una SHELL de nombre popup-pomo.php en themeeditor, asi que ya la retire. Muchas gracias gente. les dejo una foto de despedida de como nos embananaron