Hola Sinnick,
Mira, si mal no recuerdo, cuando imprimís la fecha en formato unix tenes 2 formas de hacerlo, una es con mili segundos y la otra es sin mili segundos, cuando la imprimís con mili segundos te devuelve 3 dígitos adicionales correspondientes a estos.

Si te sirve de referencia, haciendo pruebas suelo usar mucho esta página: No tienes permitido ver los links. Registrarse o Entrar a mi cuenta si probas de convertir una fecha a Epoch vas a ver como te genera el Epoch común y el Epoch con ms.

Habría que ver como se hace para que PHP lo genere sin los ms.

Saludos