Yo lo hago de esta manera.
Código: python
import sys
import time
for i in range(0,1000):
time.sleep(1)#Espera un segundo para hacer la imprimir en la terminar para poder ver lo que se imprime.
sys.stdout.write("\r%d de 1000" % (i))#Aquí la "magia"
sys.stdout.flush()#Limpia el buffer