Fritzing es un software open source que a mi parecer es muy bueno ya que puedes crear tu diagrama de conexiones y cuenta con bastantes dispositivios y en especial cuenta con arduino, lo estuve utilizando un tiempo y me parecio excelente aqui les dejo la pagina web oficial y el software esta disponible para linux windows y mac.
Fritzing (http://fritzing.org/home/)
(http://fritzing.org/static/img/fritzing-preview-bb.png)