¿Que diferencias hay entre aprender java en Windows o en Linux?

Hola gente. Estoy arrancando a aprender Java y lo estoy haciendo desde un entorno Windows con Eclipse. Tal vez me gustaria hacerlo desde mi Ubuntu por eso mi pregunta es, si hay diferencias entre programar Java en Linux y hacerlo en Windows. Y si una aplicacion que fue hecha para funcionar en Windows tambien va a correr en Linux. Mi impresión es que si, ya que si ambos entornos tienen instalado la misma version de Java no deberia de haber problema? Me equivoco? Que cosas deberia tener en cuenta?

Gracias desde ya, saludos!

Es una de las ventajas de Java, que al tener la maquina virtual es multi plataforma, y los IDE también .

Independientemente del SO que utilices para que se pueda ejecutar una aplicación Java lo que se necesita es JRE(Java Runtime Enviroment) (Entorno de Ejecución de Java) <----no es la traducción exacta pero te hará comprender que sin JRE no podrás ejecutar nada.

Para que lo comprendas te pongo un ejemplo de la vida real:

Es como llevar un traductor particular , el traductor escucha  y te traduce. Si no existiera ese entorno virtual que lee los bytecodes el SO no estaría preparado para comprender ese idioma para que me comprendas.

Por otro lado te doy mi humilde consejo para tus comienzos aunque es sólo mi opinión claro está, te aconsejo que aprendas con Netbeans, para mí ha sido el IDE con el cual he aprendido y trabajado (Java,PHP,Javascript) .

Por cierto se me olvidaba decirte que aprender java en Windows o Linux es lo mismo  no difiere en nada es lo mismo que si preguntas: ¿Diferencias de comerme un bocadillo en mi casa o en casa de mi novia? ,salvo que comerte el bocadillo en casa de tu novia puede tener ciertas consecuencias, como por ejemplo que tengas que fregar los vasos..............

Un saludo suerte y al Toro.