como grabar en un archivo .properties con Java

tengo una aplicación hecha con Java. Lo compile y lo hice un Jar y dentro del Jar metí el archivo propertie que hasta ahorita si puedo hacer es leerlo, pero lo que no logro es que pueda salvar los nuevos datos que le doy a través de la interfaz de la aplicación. A si que lo que tuve que hacer es usar el propertie fuera de la aplicación JAr y de esta forma si puedo tanto leerlo también como salvar los nuevos datos. Pero debido a los datos no quiera que puedan modificarlos tan fácil debido a pues que los tengo que poner fuera del Jar.

Alguien a podido salvar los datos en un propertie estando este dentro del archivo compilado JAr

Estructura del proyecto

carpetaProyecto
|
|--->JRE System Library
|
|--->src
      |----->(default packe)
               |------>clase
               |------>clase
               |------>clase
               |------>clase
               |------>clase
      |----->recursos (otro paquete )
               |------>imagenes.png
               |------>imagenes.png
|----->properties
      |------>configuracion.properties ( aqui dentro si lo puedo leer y pero no salvarlo. a si que mejor lo tengo q poner a parte en otra carpeta como misdocumento y en la aplicacion le pongo la ruta para que desde alli lo lea y lo salve. Cuando quiero que lo lea y lo salve desde dentro del Jar)