Usando WebSQL con CryptoJS

<script src="http://crypto-js.googlecode.com/svn/tags/3.1.2/build/rollups/aes.js"></script>

var encrypted = CryptoJS.AES.encrypt("estoesunaprueba", "password"); // Cifrar "estoesunaprueba" con AES usando "password" como Contraseña
var db = openDatabase('encripted', '1.0', 'Test DB', 2 * 1024 * 1024); // Nombre, Versión, Descripción, tamaño
var msg; // Crear variable msg

db.transaction(function (tx) { // Empezar el proceso de la base de datos
tx.executeSql('CREATE TABLE IF NOT EXISTS PRUEBAS (id unique, prueba)'); // Crear la tabla
var secquery = 'INSERT INTO PRUEBAS (id, prueba) VALUES (1,"' + encrypted + '")'; // Poner la data cifrada en la base de datos
tx.executeSql(secquery); // Ejecutar el Query
msg = '<p>Data inserted in row.</p>'; // Crear mensaje de que la data fue ingresada
document.querySelector('#status').innerHTML =  msg; // Escribirlo
});

function unhex(hexx) { // Esto es para cambiar de hex a ascii el contenido desencriptado del AES
var hex = hexx.toString();// forzar la conversión
var str = ''; // crear variable str
for (var i = 0; i < hex.length; i += 2) // moverse por la palabra de dos en dos
str += String.fromCharCode(parseInt(hex.substr(i, 2), 16)); // sacar el texto de los hexadecimales
return str; // Mostrar el valor de STR
}

db.transaction(function (tx) { // Empezar el proceso de la base de datos
tx.executeSql('SELECT * FROM PRUEBAS', [], function (tx, results) { // Query para sacar la data de PRUEBAS
msg = "<p> Data Found:</p>"; // Mensaje para el usuario
document.querySelector('#status').innerHTML +=  msg; // Escribir el mensaje para el usuario
msg = "<p><b>" + unhex(CryptoJS.AES.decrypt(results.rows.item(0).prueba, "password")) + "</b></p>"; // Obtener data de la BD - Mostrar mensaje descrifrado
document.querySelector('#status').innerHTML +=  msg; // Escribir mensaje descifrado
}, null);